1978 में नाना पाटेकर की शादी नीलकंती पाटेकर से हुई थी, जो खुद फिल्म इंडस्ट्री से जुड़ी हुई थीं. शादी के बाद नाना और नीलकंती के दो बेटों के पेरेंट बने, लेकिन 2 साल की उम्र में उनके एक बेटे का निधन हो गया. अब नाना और नीलकंती का एक बेटा मल्हार पाटेकर है.
